由于瓦楞纸板具有多层波浪形的瓦楞复合而成，表面平整度差，印刷压力不能过大，用丝网印刷方式只能印刷一些简单的图案，文字，印刷难度比较大，所以瓦楞纸板一般用柔性版印刷。这主要是因为：
①柔性版的弹性变形在印刷过程中可以弥补瓦楞纸的厚薄误差与表面不平，使印刷墨色均匀，从而提高成品的质量；
②柔性版印刷压力小，即使印版压缩变形后也能较好的与厚薄不均的瓦楞纸板接触，而避免厚的部分印迹发糊，薄的部分接触不良印迹空虚不实的现象；
③柔性版印刷采用网纹辊传墨，便于水性油墨传递，印版只需轻轻接触瓦楞纸，水性油墨就会几乎全部被瓦楞纸板吸收；
④柔性版印刷机结构简单，便于与其他工序，如压痕，开槽，模切，涂胶，制箱等相应机械组合在一起进行联机作业。
利用柔性版印刷瓦楞纸时，常用的油墨主要有溶剂型油墨、水性油墨和UV油墨，随着人们对环保因素的重视，溶剂型油墨所占比重在逐年减少，而水性油墨和UV油墨却越来越受欢迎。
目前，水性油墨增长最快，所占市场份额也较大，例如在美国90%左右的柔印油墨是水性的。而在瓦楞纸箱的柔性印刷中，水性油墨所占比例更大，这是因为在瓦楞纸箱上印刷的文字或简单图案无需很高的光泽，水性油墨可以满足印刷品质量的要求；再者瓦楞纸箱是纤维疏松的交织物，有较强的吸水性，印刷水性油墨后，以渗透干燥为主，无需设置干燥装置；并且水性油墨无毒，无害，不易燃，使用方便安全，成本低。所以，综合这些因素，瓦楞纸最主要的印刷方式是柔印，而最常用的油墨是水性油墨。